Durante l’ultima Guerra Mondiale, nel 1943, la torre, rimasta in piedi per secoli, viene cannoneggiata dalle artiglierie tedesche che sparando dalle colline di Cerveteri ne demoliscono quasi del tutto i due piani superiori. La distruzione viene decisa nell’ambito delle operazioni di bonifica delle emergenze presenti sulla costa potenzialmente utilizzabili dai ricognitori alleati come punti di riferimento per la preparazione di un eventuale temuto sbarco tra Ladispoli e Santa Severa.
La mole della torre, inoltre, poteva costituire una piccola ma significativa schermatura alla totale visibilità della spiaggia necessaria alle batterie di cannoni poste nell’entroterra.
Tra gli anni Cinquanta e Settanta la forte ingressione marina si accentua, scava e sommerge un ampio tratto di arenile lasciando per lungo tempo i resti della torre isolati in mezzo al mare, alla distanza di circa 80 metri dalla spiaggia. La violenza delle mareggiate determina l’ulteriore crollo di molte parti della struttura, il cedimento delle fondazioni con la conseguente pericolosa apertura ed inclinazione delle pareti.
Solo alla fine degli anni settanta furono messe in opera le prime barriere di protezione e poi ai giorni nostri il rudere di Torre Flavia è stato nuovamente collegato alla terraferma tramite la costruzione di un cordone artificiale di scogli e sabbia e la creazione di una massicciata di grandi blocchi di pietra gettata a baluardo, intorno alle murature, sui lati rivolti al mare.
Il 13 ottobre 2002 si svolge sulla spiaggia la prima grande manifestazione per la salvaguardia dei resti della torre indetta dal Comitato di Associazioni promosso dal Gruppo Archeologico del Territorio Cerite. Tanti cittadini, amministratori e uomini di cultura chiedono che si intervenga per salvare e valorizzare quello che resta del monumento simbolo di Ladispoli.